注册安全工程师的证书发放主要由以下几个部门负责：
国家层面：注册安全工程师职业资格证书是由人力资源和社会保障部联合中华人民共和国应急管理部颁发的。这两大部门共同组织实施注册安全工程师职业资格准入制度的考试，并负责证书的颁发工作。
地方层面：各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门也参与证书的颁发过程。特别是中级注册安全工程师合格证书，由这些地方部门颁发，且在全国范围内有效。此外，初级和高级注册安全工程师的职业资格证书同样由这些地方部门负责颁发。
证书领取方式：考试通过以后，一般需要等待三个月左右才能领取证书。证书制作完成后会发至各省市的应急管理部门。考生可以选择本人领取、他人代领或邮寄领取等方式来获取证书。其中，邮寄领取的方式因地区而异，邮费可能需要自费。
综上所述，注册安全工程师的证书发放工作主要由人力资源和社会保障部、中华人民共和国应急管理部以及各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门共同完成。考生通过职业资格考试后，可按照相关规定和程序领取相应的职业资格证书。
